本发明涉及太行鸡保种技术领域，公开了一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，包括以下步骤：首先采集保种群的样本，并提取基因组DNA。然后通过低深度重测及相关生物信息学分析获得全基因组水平的合格有效SNP标记。利用获得的全基因组SNP标记信息对保种群的多态性标记比例、平均期望杂合度和平均观察杂合度、连锁不平衡衰减速率、保种群间的主成分分析、各保种群个体间及保种群间的遗传距离和遗传相系数、各保种群的基于ROH的近交系数等参数进行分析，可以更全面地对保种群的保种效果进行评价，及时发现保种群继代过程中出现的问题并提出相应的解决方案，本方法克服了已有方法的缺陷，为畜禽遗传资源保护中保种群保种效果的评价提供了一个更为有效的方法。